造成合同无效的原因主要有三：主体不合格;内容违法、违反国家利益与公共利益;意思表示不真实。三种情形下仲裁条款的效力结果并不一致。
(一)主合同主体不具资格情形下仲裁条款的效力
当事人具有法律规定的行为能力是订立一项有效合同的前提，这一前提不仅针对主合同，而且针对仲裁条款。主合同与仲裁条款都是当事人订立的合同，因此都要符合一般合同的有效要件。当事人没有行为能力就没有签订合同的能力，当然也就没有订立仲裁条款的资格。这一点也可从我国1995年的《仲裁法》的规定中得到确证，该法第17条第2款明确规定，无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议无效。
(二)主合同内容违法、违反国家利益或公共利益情形下仲裁条款的效力
主合同内容违法是指主合同所包含的内容违反国家法律、行政法规的强制性规定，而根据《仲裁法》规定，仲裁条款的违法主要是当事人约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围。如果仲裁事项未超出法定范围，则当主合同内容违法时仲裁条款依然有效，因为仲裁条款本身表达了双方当事人就争议事项提交仲裁的合法的意思表示。非法的主合同并不能吸收合法的仲裁条款。就主合同内容违法不影响仲裁条款的效力这一观点，英国上诉法院在harbour assurance(1993)一案的判决中即有明确表达。
国家利益或公共利益实质关涉公共秩序问题。仲裁事项违背公共秩序的情况下仲裁条款的效力问题目前仍是理论上争论的焦点。而对公共秩序的范围界定，是这一争论的导火索。由于各国对公共秩序的界定宽严不一，使得这一问题难以有统一的答案。但可以肯定的是，随着国际商事仲裁的逐步发展，全球化进程的加快推进，各国以公共秩序为由对仲裁事项作出限制的范围会越来越小，事实上，也应当达致最小范围。只有这样，仲裁条款独立性才能在更广阔的空间内发挥作用。
(三)主合同存在欺诈、胁迫、乘人之危之时仲裁条款的效力
意思表示真实是有效合同的基本精神，而以欺诈、胁迫、乘人之危等手段订立的合同却违背了这一精神，我国《合同法》规定受欺诈、胁迫方可通过行使撤销权而使合同无效。但包含了仲裁条款的合同因此归于无效时，仲裁条款是否也随之无效呢?虽然美国的“prima paint co. v. flood & conklin mfg co.案”中最高法院作出了因欺诈而签订的合同中，仲裁条款仍然有效的判例。但先前审理此案的布莱克法官却自有他的道理：“法院认为，合同在欺诈取得情形下的有效性问题由仲裁员来决定与其决定在有效合同下的争议问题有着本质的区别。因为，如果合同是通过欺诈手段获得的，那么，除非被欺诈方当事人选择认定合同存在，合同本身根本不存在，没有东西可供仲裁”。在早年的英国曾有过类似的判例：当主合同自始无效的情况下，仲裁条款无效。
主合同设定的是双方当事人实体权利与义务，依据民法等价有偿的基本原则，合同双方的权利义务应保持一种平衡。一方当事人基于欺诈的意思，其目的在于破坏这种平衡，以获取非法利益。但仲裁条款是在双方当事人就主合同所约定的权利义务关系发生纠纷时的救助条款，这一条款不是单为一方当事人设定的权利或义务，它规定双方当事人都有权利将争议交付仲裁，也都有义务不得将争议诉诸法院。设若主合同欺诈的情况下，仲裁条款的订立也必然受欺诈，那么当被欺诈方将主合同欺诈行为交付仲裁后，欺诈方不仅承担了不得改诉法院的义务，同时面临着仲裁员对欺诈行为的确认与制裁。而且与诉讼相比，仲裁的灵活性更大，公正性更强，欺诈方承担法律后果的可能性也就更大。欺诈方不仅不能因此获取利益，反而为自己设定了如此的义务，按常理，这种可能性极小。况且，在多数情况下，尽管合同的实体权利义务存在欺诈，但在双方签订仲裁条款时，是明示的、可选择的。故在主合同受欺诈情况下，仲裁条款不必然就是欺诈的产物。香港城市大学的莫世健就认为，在主合同存在欺诈时，应考虑仲裁本身的意志表示是否真实，其与主合同的意思表示不完全一致，可能存在主合同有欺诈，仲裁意志是真实的情况。 美国联邦最高法院在“prima paint co.v. flood & conklin mfg co.案”中也指出，即使争议是因主合同欺诈而引起，只要仲裁条款本身不是欺诈的产物，法院就不能排除仲裁。所以除非有证据证明仲裁条款本身是以欺诈手段订立的，该仲裁条款才与主合同一起无效。